Setelah kematian orangtuanya, Mary Lennox si gadis manja dan pemarah datang dari India untuk tinggal di rumah pamannya, Mr. Archibald Craven. Dia merasa kesepian di rumah besar dan sunyi itu. Namun suatu hari dia menemukan jalan menuju taman rahasia yang sudah bertahun-tahun dikunci. Dengan bantuan Dickon, anak lelaki yang bisa "berbicara" dengan binatang, dia menghidupkan kembali taman itu dan membuatnya indah. Kegiatan mengurus taman perlahan-lahan membuat sifat Mary berubah, dan pada akhirnya bukan hanya Mary yang menjadi bahagia karena taman rahasia itu…
