A ejemplo de Fichte, con quien piensa todavía poder formar un frente común, Schelling sostiene que el objeto de la filosofía consiste en volver a las condiciones de posibilidad del saber. Ahora bien, todo saber eleva una pretensión de verdad, que debe comprenderse como la adecuación entre el conocimiento y el objeto, por tanto como una concordancia entre el sujeto y el objeto o, para Schelling, entre el Yo y la naturaleza.
Para que esta concordancia sea posible, es preciso presuponer a priori la unidad indisoluble entre sujeto y objeto. El punto de partida de la filosofía, o de la ciencia, no puede ser más que el sujeto-objeto, la unidad primera digna de ser llamada absoluto. Ese nivel de pensamiento es, evidentemente, el de la filosofía. Pero si se quiere elevar la conciencia no filosófica a ese plano, y hacerle ver la unidad entre sujeto y objeto, dos son los caminos posibles: el de la filosofía de la naturaleza, que muestra cómo el objeto termina por reflejarse en un sujeto, es decir, cómo la naturaleza se «espiritualiza», y el de la filosofía trascendental, la cual busca más bien deducir la naturaleza a partir del yo, mostrando cómo un objeto se añade a un sujeto. La filosofía trascendental viene así a explicar no sólo cómo el Yo pone el No-Yo, sino que también demuestra la unidad entre ambos, al reconocerse el Yo en su propia producción.