Само самурайское сословие тоже расслоилось на четко регламентированные группы; во главе его стояли госанкэ — «три почтенных дома», из которых только и могли выбирать сёгуна. Следующими в иерархии были фудай даймё — князья, чьи предки поддержали Токугаву Иэясу в битве при Сэкигахара. Ниже их стояли тодзама даймё — князья, чьи предки были в оппозиции к правящему дому. Значительность князя определялась не только принадлежностью к фудай либо тодзама, но и размерами его надела — хана . Непосредственно сёгуну подчинялась прослойка хатамото — «знаменосцев», а также личных вассалов — гокэнин . Хатамото и гокэнин также делились на категории: фудай (потомки ближайших сподвижников Токугава Иэясу) и гохо . Следующей ступенью самурайской иерархи были байсин (вассалы князей и хатамото). Ниже всех стояли асигару, «копьеносцы», и госи, деревенские самураи, чей образ жизни мало отличался от крестьянского. Существовала также особая — так называемая прослойка ронины, или роси, — самураи без господина, деклассированные воины. Они пополняли ряды телохранителей, наемных убийц и бандитов.