1579 yılı sonlarında, Şeyhülislâmın verdiği “rasat yapmak şeamet getirir” fetvası ile, bir İtalyan devşirmesi olan Kaptanı Derya Kılıç Ali Paşa tarafından rasathane bir gecede yerle bir edildi.
Bu müspet bilim yuvasının yıkılması Türk bilimine indirilmiş çok büyük bir darbe olmuştur. Böylece İstanbul Rasathanesinin tahrip edilmesi doğunun elinde bulunan mühim bir müspet ilim kolunun tamamen Avrupa eline geçmesine sebep oldu.